Metoder for påvisning av Listeria i mat og produksjonsmiljø – Delrapport 3: Genotypingsmetoder

Abstract

Sporing av Listeria monocytogenes er en viktig del av lakseprodusenters kvalitetskontroll. Det er økende interesse i laksenæringen for metoder som kan gi mer informasjon enn bare et svar på om listeria er til stede i en prøve eller ikke – altså genotypingsmetoder. Denne rapporten gir en grunnleggende oversikt over prinsippene bak eksisterende genotypingsmetoder, inkludert PCR-basert typing, MLST, MLVA og PFGE. Rapporten gir også en evaluering av metodenes oppløselighet når det gjelder å skille mellom relevante genetiske grupper av listeria, som er kjent gjennom analyser av helgenomsekvenseringdata. En viktig del av rapporten er en evaluering av den nye GENE-UP Typer metoden fra bioMérieux, utført som en digital analyse av et datasett bestående av over 1200 norske listeria-isolater. Resultatene viste at GENE-UP Typer metoden hadde noen fordeler sammenlignet med de klassiske genotypingsmetodene, inkludert et lavt nivå av feilklassifiseringer, men ikke høyere oppløselighet enn andre metoder. Genotyping kan være et nyttig verktøy i kvalitetsarbeidet, men kan ikke erstatte helgenomsekvensering for å spore smitte i næringsmiddelkjeden eller i produksjonsmiljøet i bedrifter.