Real Time PCR for Salmonella-analyse i fiskemel og andre fôrvarer

Abstract

Polymerase Chain Reaction (PCR) er en av de viktigste teknikker innen moderne molekylærbiologi. Ved bruk av PCR i mikrobiologisk analyse, amplifiseres (mangfoldiggjøres) DNA-segmenter som er unike for den søkte organisme. PCR-produktet kan detekteres på ulike måter. I ”Real Time PCR” blir produktet detektert automatisk under amplifiseringen. I den senere tid er det utviklet flere ”Real Time PCR” metoder for påvisning av Salmonella. Metodene er hurtige og tilpasset et stort analyseomfang. Fiskeriforskning har gjennomført validering av to ”Real Time PCR” metoder for analyse av Salmonella i fiskemel og andre fôrvarer. Light-Cycler Instrument (Rôche Diagnostics) og iCycler iQ System (BioRad Laboratories) ble benyttet parallellt med referansemetoden Malthus Konduktans Metode/NMKL 71. Prøve-materialet var ordinære fôrvarer og kulturer av ulike Salmonella-serovar i eller uten matrix. Begge PCR-metoder detekterte alle de 41 undersøkte Salmonella serovar som kunne påvises med referanse-metoden. Ved analyse av Salmonella i ordinære fôrvarer ga begge PCR-metodene innledningsvis en del falske negative resultater. Etter modifikasjon av prosedyrene for prøvepreparering ble frekvensen av falske negative resultater redusert til et akseptabelt nivå. Begge PCR-metoder ga over 99 % samsvar med referansemetoden når det ble benyttet modifisert prøve-preparering og kulturbasert anrikning/isolering/konfirmering av alle positive og ugyldige PCR-resultater.

A validation study of LightCycler Instrument (Roche Diagnostics) and i-Cycler IQ System (Bio Rad Laboratories) for analysis of Salmonella in fishmeal and other feedingstuffs was undertaken. A total of 1193 samples, including naturally contaminated material and material spiked with different serovars of Salmonella, were analysed with the two PCR methods and Malthus Automated Conductance Method (reference method). With slight modifications to the DNA extraction procedures and with confirmation of PCR-positive and invalid samples, more than 99 % relative trueness was obtained.